Para todos aquellos que necesitan llevar sus notas en una aplicación de escritorio (disponible para linux y windows), después de mucho buscar por internet he encontrado la solución.

Zim, es una sencillísima aplicación de escritorio para Linux -también disponible para Windows-, desarrollado en Perl-Gtk, en donde podemos llevar todas nuestras notas. Esta aplicación no requiere bases de datos, ni servidor web. Además de que el formato es al estilo DokuWiki, en donde de manera muy sencilla podemos incluir todas nuestras notas, darle formato de encabezados, negritas, cursivas, subrayado y resaltado.
La gran maravilla de Zim, es que todas nuestras notas son archivadas al estilo NameSpaces y cuenta con una herramienta TODO (por hacer). Esta herramienta permite incluir en cualquier nota y en cualquier parte de la misma la etiqueta TODO:, para posteriormente consultar todas las notas pendientes etiquetadas con la misma.
La información es almacenada en archivos de texto, y se puede personalizar de manera muy sencilla el formato de los estilos. Además de contar con una excelente documentación.
Soporta una enorme cantidad de información, tanto por nota individual como por notas dentro de un NameSpace.
Sencillo
Para que complicarnos la existencia con aplicaciones “tan” sofisticadas, con innumerables herramientas que solo retrasan el sistema. A veces lo simple es más práctico, especialmente para aquellas anotaciones “instantaneas” que debemos hacer. Zim cuenta también con un daemon para permanecer siempre a la espera de ser requerido.
Portable
Si por alguna razón requerimos cambiar de computadora o realizar un backup de nuestra información, simplemente copiamos el directorio en donde Zim aloja nuestra información, para que al instalarlo en otro equipo, solo colocamos nuevamente los archivos de nuestras datos, y listo!!
Para descargar la aplicación: http://zim-wiki.org/


